《生命树》将故事放在上世纪九十年代的青海玛治县。当地长期依赖农牧业，经济基础薄弱，而周边无人区博拉木拉矿产和野生动物资源丰富，盗猎、盗采活动日益猖獗。为了寻找脱贫出路，副县长多杰在县长林培生的支持下成立巡山队，最初计划进入无人区探矿。亲眼看到藏羚羊遭到屠杀后，多杰逐渐将工作重心转向生态保护。援藏医生张勤勤收养的遗孤白菊，是一名敢闯敢拼的年轻女警。进入无人区后，她在一次次巡山行动中逐渐成长，并与报社记者邵云飞相知相爱。为了建立自然保护区，巡山队员们四处奔走，却在关键时刻遭遇多杰失踪、巡山队解散的变故。十多年后，博拉木拉再度出现煤矿盗采问题，白菊与昔日爱人、队友和家人重新聚首，一边追查多杰失踪的真相，一边继续面对生态保护与地方发展之间的现实难题。